考古記錄上充斥著糞便，這是一種潛在的金礦，可用于洞察遠古的健康和飲食，寄生蟲的進化以及微生物組的生態(tài)和進化。研究人員的主要問題是確定誰的糞便正在接受檢查。由馬克斯·普朗克人類歷史科學研究所(MPI-SHH)的馬克西姆·鮑里(Maxime Borry)和克里斯蒂娜·沃林納(Christina Warinner)領(lǐng)導的*近在PeerJ雜志上發(fā)表的研究提出了“ CoproID：一種推斷古菌來源的可靠方法”。

機器學習可實現(xiàn)可靠的分類

幾千年后，很難確定特定糞便的來源。區(qū)分人和狗的糞便特別困難：它們的大小和形狀相似，出現(xiàn)在相同的考古地點，并且具有相似的成分。此外，在許多古代社會，狗都在菜單上，我們的犬友傾向于**人類的糞便，從而使簡單的基因檢測成為問題，因為這種分析可以從這兩個物種返回DNA。

為了訪問古**中包含的見解，研究人員開發(fā)了coproID(coprolite識別)。該方法將對古代宿主DNA的分析與對現(xiàn)代糞便中的微生物群落訓練的機器學習軟件相結(jié)合。MPI-SHH，哈佛大學和俄克拉荷馬大學的研究團隊將coproID應用于新測序和先前發(fā)布的數(shù)據(jù)集，能夠可靠地預測古代糞便的來源，表明宿主DNA和獨特的糞便的結(jié)合生活在人和狗體內(nèi)的微生物菌落可以準確區(qū)分它們的糞便。

分類功能提供對消化健康的見解

這項研究的**作者克里斯蒂娜·沃林納教授說：“我們的研究出乎意料的發(fā)現(xiàn)是考古記錄中充滿了狗屎。”但Warinner還希望coproID具有更廣泛的應用，尤其是在法醫(yī)學，生態(tài)學和微生物組科學領(lǐng)域。

準確識別考古糞便來源的能力使我們能夠直接調(diào)查人類腸道微生物組隨時間變化的結(jié)構(gòu)和功能，研究人員希望該研究能夠提供對食物不耐受性以及人類健康中其他許多問題的見解。該研究的**作者馬克西姆·鮑里(Maxime Borry)說：“鑒定人類輔酶應是古代人類微生物組分析的**步。”

鮑里補充說：“有了有關(guān)非西方化的鄉(xiāng)村狗的腸道基因組的更多數(shù)據(jù)，我們將能夠更好地將更多的古老狗糞便歸為事實上的犬類，而不是'不確定'。”隨著人和狗微生物組數(shù)據(jù)目錄的增長，coproID將繼續(xù)改善其分類，并更好地幫助在一系列地理和歷史背景下遇到古**的研究人員。

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