在基礎研究方面，近兩年來蛋白質組研究技術已被應用到各種生命科學領域，如細胞生物學、神經生物學等。在研究對象上，覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍，涉及到各種重要的生物學現象，如信號轉導、細胞分化、蛋白質折疊等等。在未來的發展中，蛋白質組學的研究領域將更加廣泛。
 

　　在應用研究方面，蛋白質組學將成為尋找**分子標記和**靶標*有效的方法之一。在對癌癥、早老性癡呆等人類重大**的臨床診斷和**方面蛋白質組技術也有十分誘人的前景，目前國際上許多大型**公司正投入大量的人力和物力進行蛋白質組學方面的應用性研究。
 

　　在技術發展方面，蛋白質組學的研究方法將出現多種技術并存，各有優勢和局限的特點，而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發展新方法外，更強調各種方法間的整合和互補，以適應不同蛋白質的不同特征。另外，蛋白質組學與其它學科的交叉也將日益顯著和重要，這種交叉是新技術新方法的活水之源，特別是，蛋白質組學與其它大規模科學如基因組學，生物信息學等領域的交叉，所呈現出的系統生物學（SystemBiology）研究模式，將成為未來生命科學*令人激動的新前沿。